在开始口袋妖怪火红时，初始宝可梦的选择直接影响游戏前期的体验和战术布局。游戏提供小火龙、杰尼龟和妙蛙种子三种选项，每种宝可梦的属性、技能和成长路线各有特点。小火龙为火属性，进化后具备飞行能力，但前期需应对岩石和水系道馆的克制；杰尼龟是水属性，防御性能优秀，中期优势明显；妙蛙种子为草/毒双属性，初期对水系和地面系敌人有压制力，但后期打击面较窄。选择时需综合考虑属性克制、道馆挑战顺序以及队伍搭配需求。
小火龙的优势在于后期进化成喷火龙后的高速度和特攻，但开局阶段需克服岩石系道馆的劣势。若选择小火龙，需尽早补充电系或草系宝可梦以应对水系道馆。其火属性技能在中期对抗草系和虫系野生宝可梦时效率较高，但需注意游戏初期资源有限时等级提升的难度。性格选择上，增加攻击或速度的性格更有利于发挥其爆发力。
杰尼龟的防御种族值使其成为稳健的选择，水系技能能有效压制火系和地面系敌人。其进化形态水箭龟可学习冰系技能弥补草系弱点，但需注意电系克制的普遍性。杰尼龟在前期道馆战中表现均衡，尤其对抗第二个道馆时优势显著。若追求低风险通关，杰尼龟的生存能力和技能池使其成为适应性较强的选项。
妙蛙种子的双属性带来更复杂的克制关系，草系技能对水系和地面系效果显著，但毒属性增加了超能力系的弱点。其进化形态妙蛙花可担任队伍中的辅助角色，通过寄生种子和催眠粉等技能控制战局。选择妙蛙种子需优先解决飞行系和火系威胁，建议搭配岩石或电系宝可梦形成互补。
偏好速攻的玩家适合小火龙，注重防御的玩家可选择杰尼龟，而妙蛙种子适合喜欢控制战术的玩家。无论选择哪种，均需通过捕捉野生宝可梦弥补队伍短板，并合理分配技能学习机资源。游戏设计保证了三种宝可梦均可通关，关键在于后续队伍的构建和资源管理。
