在三周目开始时，玩家需优先前往博士处将图鉴升级至386版，这是解锁后续内容的关键前置条件。随后通过坐船前往火焰山，击败右侧山洞内的两名火箭队成员并推动石头获取红宝石，将其交还给博士后可换取七岛船票。这一阶段需注意合理分配背包空间，携带足够的高级球和状态恢复道具，因三周目野生宝可梦等级普遍较高，且部分稀有宝可梦仅在此阶段出现。进入四号岛后需与商店旁NPC对话触发冰洞任务，洞内地形复杂，需利用冰面滑动机制和障碍物调整行进方向，最终战胜冰天王获取瀑布攀登技能。
三周目的核心策略在于高效利用岛屿探索机制。五号岛左上角冲浪后可获得波克比的蛋，其进化形态波克基斯在后期战斗中表现优异。岛上迷宫需收集五个隐藏道具才能触发后续剧情，建议提前规划路线避免重复探索。六号岛南部的石门需使用居合斩开启，内部蓝宝石被火箭队抢夺后需前往五号岛基地夺回，此处战斗难度较高，建议队伍中配置克制恶系的格斗或虫系技能。七号岛南部的遗迹可捕捉安侬，其特殊形态需通过解谜激活。
超梦与传说宝可梦的捕捉是三周目重点内容。完成六号岛剧情后返回华蓝市左侧洞穴，深处需使用冲浪和怪力技能抵达超梦所在位置，建议携带同步特性宝可梦锁定理想性格。八号岛洞穴岔路右侧深处可遭遇洛奇亚，而九号岛的三角形谜题需反复互动直至变红，迪奥西斯会在30级出现。这些传说宝可梦均具有专属技能，捕捉前务必保存游戏进度并准备足够的大师球或催眠类技能。
队伍配置方面需兼顾属性平衡与技能覆盖。三周目新增的Mega进化系统可大幅提升关键战斗的胜率，建议优先培养喷火龙、水箭龟等具有双重Mega形态的宝可梦。岩山隧道和冰洞等特殊地形中，闪光术与怪力术的使用频率较高，最好让特定宝可梦长期携带这些秘传技能。对战设施中的NPC等级会动态匹配玩家队伍最高等级成员，因此不建议过度强化单一宝可梦，保持队伍均衡发展更为稳妥。
最终阶段需注意剧情触发顺序的严谨性。彩虹市火箭队基地的密码获取、紫苑镇宝可梦塔的幽灵净化等关键事件存在逻辑关联，任意环节遗漏可能导致流程卡顿。部分隐藏道具如学习装置需要集齐50种宝可梦才能获取，可结合三周目新增的栖息地系统针对性补全图鉴。通关后训练师之塔的挑战是检验队伍强度的最终试炼，其双打对战模式要求玩家对属性联防有更深层次的理解。
