少年三国志2的副本系统主要分为主线副本、名将副本、神兽副本和特殊活动副本四大类。主线副本是游戏的核心玩法，共包含20个章节，每个章节又分为多个小关卡，玩家需要依次通关才能解锁后续内容。主线副本的关卡设计围绕三国历史事件展开，从黄巾之乱到夷陵之战，涵盖了三国时期的主要战役。这类副本不仅提供基础资源奖励，还是推动剧情发展的关键环节。
名将副本是围绕三国著名武将设计的独立挑战关卡，需要玩家在主线推进至第8章且主角等级达到28级后解锁。这类副本分为武将传和史诗战役两种类型，每通关3个武将传会开启1个史诗战役。名将副本的奖励包括突破丹、将魂以及三国志残卷，后者可用于激活命星系统提升全队属性。名将副本每天有挑战次数限制，且部分关卡只能完成一次。
神兽副本是面向中后期玩家的高难度挑战内容，需要针对不同神兽的特性调整战术策略。这类副本分为多个难度等级，玩家实力提升逐步解锁。神兽拥有独特的技能机制和抗性，战斗中还会召唤小怪助阵，要求玩家在阵容搭配、技能释放时机和资源分配等方面做出精准判断。成功挑战后可获得稀有培养材料和高级装备。
特殊活动副本包括时空外传、刘备传等限时或剧情向玩法。时空外传通常包含解谜元素和隐藏宝箱，需要按照特定顺序探索地图；刘备传作为首个列传副本，通过对话选择和简单战斗还原桃园结义等经典桥段。这类副本往往附带自由探索模式，通关后可返回地图完成奇遇任务获取额外奖励。
各类副本在难度设计和奖励机制上形成互补关系。主线副本提供稳定的成长资源，名将副本侧重武将培养，神兽副本产出高端装备，而活动副本则带来多样化的玩法体验。建议玩家根据当前战力水平和资源需求，合理分配体力参与不同类型的副本挑战。副本进度与武将培养、装备强化等系统环环相扣，需要统筹规划才能实现效率最大化。
